Po obiedzie i krótkim odpoczynku, o godz. 17 Ojciec Święty udał się do katedry św. Jana na chwilę adoracji, po czym udał się na Uniwersytet Mikołaja Kopernika. Tam w auli Uniwersytetu Toruńskiego odbyło się spotkanie z rektorami szkół wyższych z okazji rocznicy urodzin Mikołaja Kopernika.

Do toruńskiej Auli Uniwersytetu Mikołaja Kopernika na spotkanie z Janem Pawłem II przybyli rektorzy ponad dwustu polskich uczelni. Wchodzącego do auli Papieża przywitano owacją na stojąco. Jan Paweł II w wystąpieniu skierowanym do przedstawicieli świata nauki nawiązał do postaci astronoma Mikołaja Kopernika, przypomniał twórców toruńskiego uniwersytetu. Mówił też o tym, że ludziom nauki i kultury została powierzona szczególna odpowiedzialność za prawdę, za dążenie do niej, jej obronę i życie według niej. Wychodzący z Auli UMK naukowcy nie mieli wątpliwości, że wygłoszone podczas spotkania słowa Papieża będą nie tylko nauką na dziś, ale na przyszłe tysiąclecie.

„Świat potrzebuje dziś nadziei i szuka nadziei!”, takimi słowami zwrócił się Ojciec Święty do naukowców podczas spotkania w Toruniu. Pytał: „Czy dramatyczna historia naszego stulecia: wojny, zbrodnicze ideologie totalitarne, obozy koncentracyjne i gułagi – nie skłania raczej do ulegania pokusie zniechęcenia i rozpaczy?”. I odpowiadał za Pascalem: „Dopiero poznanie Chrystusa wyzwala od rozpaczy, bo w Nim poznajemy nie tylko naszą nędzę, ale i naszą wielkość”. Prawda o „Bogu Miłości” – mówił Papież – staje się źródłem nadziei świata, rzuca także światło na poszukiwanie prawdy, na pracę nad rozwojem nauki i kultury. Na zakończenie spotkania rektor Uniwersytetu Mikołaja Kopernika przekazał w darze Ojcu Świętemu reprint rękopisu „De revolutionibus orbium coelestium” z 1542 r. i „Psałterza krakowskiego” z 1532 r., przewodniczący Konferencji Rektorów prof. dr hab. Aleksander Koj, rektor Uniwersytetu Jagiellońskiego, wręczył dyplom odnowienia doktoratu, który ks. Karol Wojtyła uzyskał na Wydziale Teologicznym UJ przed ponad 50 laty.

W godzinach wieczornych na płycie lotniska w Toruniu Ojciec Święty przewodniczył nabożeństwu czerwcowemu i wyniósł do chwały ołtarzy młodego kapłana i męczennika obozu koncentracyjnego w Dachau, syna tej ziemi, ks. Stefana Wincentego Frelichowskiego (1913-1945). W uroczystości uczestniczyli naoczni świadkowie męczeństwa bł. Stefana Wincentego, m.in. kard. Adam Kozłowiecki SJ, abp Kazimierz Majdański i bp Ignacy Jeż. Obecny był Także kard. Joachim Meisner z Kolonii i abp Tadeusz Kondrusiewicz z Moskwy.

Podczas nabożeństwa czerwcowego na toruńskim lotnisku Papież mówił, że „społeczeństwa i narody potrzebują ludzi pokoju, prawdziwych siewców zgody i wzajemnego poszanowania. Ludzi, którzy wypełniają swoje serca pokojem Chrystusowym i poniosą go do domów, urzędów i instytucji, miejsc pracy, na cały świat. Historia i współczesność pokazują, że świat nie może dać pokoju, świat jest bezradny”. Zwracał uwagę, że wiele krwi przelano w XX wieku w Europie i na całym świecie, bo społeczeństwa odeszły od „Chrystusowych zasad gwarantujących sprawiedliwy pokój”. Także ostatnie miesiące – według słów Papieża – pokazały w dramatyczny sposób, „ile krwi niewinnej przelewa się na naszych oczach”. – „Tragiczne wydarzenia w Kosowie pokazały to i pokazują w sposób jakże bolesny” – tutaj Jan Paweł II odstąpił od wcześniej przygotowanego tekstu homilii.

Wtorek, 8 czerwca 1999 r.

Uroczysta Msza św. w Ełku była wyrazem wspólnej modlitwy Polaków i Litwinów. Papież przyleciał do Ełku z Lichenia o godz. 10.25. Jan Paweł II część homilii wygłosił w języku litewskim. Z Litwy przyjechało 6 tys. pielgrzymów. Przybył także cały litewski Episkopat. W swojej homilii Ojciec Święty nawiązał do słów odczytanej Ewangelii: „Zacheuszu, zejdź prędko, albowiem dziś muszę się zatrzymać w twoim domu” (Łk 19, 5).